1300 ans avant Jésus-Christ, pour l'avoir sauvé des griffes d'un lion, le pharaon Akhenaton nomme l'orphelin Sinouhé médecin du palais et Horemheb, son meilleur ami, chef de la garde. Tandis qu'une ambitieuse courtisane jette son dévolu sur Horemheb et lui, Sinouhé découvre la vie de la cour, ses conspirateurs décidés à tuer le souverain suprême sous prétexte qu'il impose à tous la vénération d'un seul Dieu, Aton. Contraint à l'exil par la reine Néfertiti, désormais en possession du secret de ses origines, il retrouve l'Egypte dont il apprend qu'il est héritier du trône. Mais, déjà, sa soeur, Bakétamon, et Horemheb, s'en sont emparés...